[pyar] [OT] Libertad en la "bio"

[Damián Avila]

La respuesta corta es no... a ver, el área de la bioinformática es
probablemente aquella donde podés ver algo de "open".
Clásicamente, en el área Biológica, no se comparten conocimientos, o sólo
se comparten a través de papers que normalmente son difíciles de reproducir
por la falta de información, y siempre e comparte "a posteriori", incluso
en las conferencias, o sea con todo cocinado para que no "te roben" el
"novelty"... Pero no está instalada la conciencia de apertura de datos,
materiales, técnicas, software... y probablemente mucho se debe a la
competitividad impuesta por el sistema en sí mismo (que lo forma la misma
comunidad, pero que es muy difícil de cambiar).
Existen ciertos nichos donde parece haber una semilla de "open", pero son
pocos y todavía poco poblados.
Finalmente, mi visión, tal vez, tiene un poco de "bias", pues una de las
grandes causas para que me fuera de las ciencias biológicas, fue esa mala
competitividad y la mezquindad en la información (además de otros puntos de
carácter más personal y de cuestionamientos al sistema científico como
tal), pero creo que no estoy muy alejado de la realidad...

Abrazo.

Damián, un bioquímico-inmunólogo devenido (y con mucha alegria) en
"developer" ;-)




El 11 de agosto de 2014, 15:27, Manuel Kaufmann <humitos en gmail.com>
escribió:

> Hola!
>
> 2014-08-11 15:14 GMT-03:00 Horacio G. de Oro <info en data-tsunami.com>:
> > El workflow que usaban era muy manual, y
> > necesitan de varios programas (mrbayes, beast, paup, etc.), convertir
> > formato de archivos, todo muy manual.
>
> Yo ayudé a mi amiga también haciendo un script para calcular varios
> datos que ella obtenía manualmente con calculadora científica o sino
> con un software privativo inmenso del cuál usaban una sola función y
> así y todo era super complicado.
>
> > Actualmente estoy armando un prototipo con Hadoop + Spark + Adam, pero
> > con la intención de ver qué se puede hacer (ya que actualmente ya no
> > tengo un problema en particular que resolver).
>
> Personalmente, no estoy a la altura de conocimientos necesarios como
> para hacer ningún software que trabaje en éstas áreas. Lo que sí, en
> la medida que puedo, voy a ayudando a mi amiga con algunos cálculos,
> pero es matemática más que nada. Ella me dice "cómo lo hace" y yo lo
> traduzco en un script.
>
> Sin embargo, mi pregunta va más allá del Software por lo pronto -por
> eso el OT. Lo que me gustaría saber es si hay gente de la rama de la
> "bio" con la filosofía del software libre, sin necesidad de que se
> dediquen a hacer software en sí. Por ejemplo, ¿existe algo así como
> una Bio-Con dónde los biotecnólogos / bioquímicos / ingenieron
> ambientales / etc compartan su conocimiento/experimentos libremente?
>
> Saludos,
>
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> Kaufmann Manuel
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