[pyar] Consulta de matplotlib

[Kiko]

>
>
>
> El mié, ene 21, 2015 00:01, Leonel Caraccioli <leonel en backupnet.com.ar>
> escribió:
>
> Gente, buenas, hoy estuve probando para una conocida un graficador de
>> valores analógicos en python.
>>
>> Es para la facultad de bioquimica de la UBA. Necesitan un adquisidor de
>> datos para un equipo de perfusión [1]. El equipo mide presiones y las
>> saca los valores analógicos de tensión.
>>
>> El problema que tienen ahora es que necesitan mandar estos datos a una
>> PC para poder hacer unos cálculos.
>>
>> Les propuse hacerlo con Arduino/Python. Empecé a probar algunas cosas, y
>> vi de usar matplotlib.
>>
>> Anda lindo, adjunto el video [2]
>>
>> Pero es lento, me carga el microprocesador mucho y les puse poco tiempo
>> de muestreo al Arduino, si le pongo más rápido la PC se empieza a
>> atrasar mucho y deja de ser en tiempo real que es lo que necesito para
>> tener un dalay (por supuesto acumulativo). No se como mejorarlo. Les
>> pego al final del correo el código.
>>
>
Existe PyQwT como alternativa ligera a Matplotlib.

¿La visualización tiene que ser en tiempo real o basta con poder verlo a
posteriori? Si lo quieres ver a posteriori puedes guardar pngs y luego
montar el vídeo.
Si lo quieres ver en tiempo real deberías poner el modo interactivo en ON
(plt.ion()) y usar plt.draw() en lugar de plt.show(). Otra opción sería
usar el notebook de IPython y usar (from IPython.display import
clear_output) si no recuerdo mal.


>
>> La idea es arrancar con esto y empezar a probar más opciones y
>> agrandarlo (loguear, sacar derivadas, picos, etc.)
>>
>> Alguien me puede dar un mano para ver si se puede hacer más rápida la
>> ejecución soy medio queso en python. También pensé en usar otra opción
>> no matplotlib.
>>
>> El programa va a ser libre y estar en los repos de OpenMolo [3].
>>
>> Saludos
>>
>> Leonel
>>
>> [1] -
>> http://es.wikipedia.org/wiki/Relaci%C3%B3n_ventilaci%C3%
>> B3n_perfusi%C3%B3n
>> [2] - https://www.youtube.com/watch?v=5Yxf22UblQs
>> [3] - www.OpenMolo.com.ar
>>
>>
>>
>> ###########################################################
>> ###  Arduino:
>> ###########################################################
>>
>>
>> // analog-plot
>> //
>> // Read analog values from A0 and A1 and print them to serial port.
>> //
>> // electronut.in
>>
>> #include "Arduino.h"
>>
>> void setup()
>> {
>> // initialize serial comms
>> Serial.begin(115200);
>> }
>>
>> void loop()
>> {
>> // read A0
>> int val1 = analogRead(0);
>> // read A1
>> int val2 = analogRead(1);
>> // print to serial
>>   byte b1, b2;
>>   b1 = val1 & 0xFF;
>>   b2 = ( val1 >> 8 ) & 0xFF;
>>   Serial.write(b1);
>>   Serial.write(b2);
>>   b1 = val2 & 0xFF;
>>   b2 = ( val2 >> 8 ) & 0xFF;
>>   Serial.write(b1);
>>   Serial.write(b2);
>>   Serial.println();
>> // wait
>> delay(100);
>> }
>>
>>
>>
>> ###########################################################
>> ###  Python:
>> ###########################################################
>>
>>
>>
>> """
>> ldr.py
>>
>> Display analog data from Arduino using Python (matplotlib)
>>
>> Author: Mahesh Venkitachalam
>> Website: electronut.in
>> """
>>
>> import sys, serial, argparse
>> import numpy as np
>> from time import sleep
>> from collections import deque
>>
>> import matplotlib.pyplot as plt
>> import matplotlib.animation as animation
>>
>>
>> # plot class
>> class AnalogPlot:
>>    # constr
>>    def __init__(self, strPort, maxLen):
>>        # open serial port
>>        self.ser = serial.Serial(strPort, 115200)
>>
>>        self.ax = deque([0.0]*maxLen)
>>
>>
>>        self.ay = deque([0.0]*maxLen)
>>
>>
>>        self.maxLen = maxLen
>>
>>
>>
>>
>>
>>    # add to buffer
>>
>>
>>    def addToBuf(self, buf, val):
>>        if len(buf) < self.maxLen:
>>            buf.append(val)
>>        else:
>>            buf.pop()
>>            buf.appendleft(val)
>>
>>    # add data
>>    def add(self, data):
>>        assert(len(data) == 2)
>>        self.addToBuf(self.ax, data[0])
>>        self.addToBuf(self.ay, data[1])
>>
>>    # update plot
>>    def update(self, frameNum, a0, a1):
>>        try:
>>               # line = self.ser.readline()
>>               # data = [float(val) for val in line.split()]
>>            data = [0,0];
>>            b1 = ord(self.ser.read(1))
>>            b2 = ord(self.ser.read(1))
>>            data[0] = b1 + b2*256
>>            b1 = ord(self.ser.read(1))
>>            b2 = ord(self.ser.read(1))
>>            data[1] = b1 + b2*256
>>            line = self.ser.readline()
>>            # print data
>>            if(len(data) == 2):
>>                self.add(data)
>>                a0.set_data(range(self.maxLen), self.ax)
>>                a1.set_data(range(self.maxLen), self.ay)
>>        except KeyboardInterrupt:
>>            print('exiting')
>>
>>        return a0,
>>
>>    # clean up
>>    def close(self):
>>        # close serial
>>        self.ser.flush()
>>        self.ser.close()
>>
>> # main() function
>> def main():
>>    # create parser
>>    parser = argparse.ArgumentParser(description="LDR serial")
>>    # add expected arguments
>>    parser.add_argument('--port', dest='port', required=True)
>>
>>    # parse args
>>    args = parser.parse_args()
>>
>>    #strPort = '/dev/tty.usbserial-A7006Yqh'
>>    strPort = args.port
>>
>>    print('reading from serial port %s...' % strPort)
>>
>>    # plot parameters
>>    analogPlot = AnalogPlot(strPort, 100)
>>
>>    print('plotting data...')
>>
>>    # set up animation
>>    fig = plt.figure()
>>    ax = plt.axes(xlim=(0, 100), ylim=(0, 1023))
>>    a0, = ax.plot([], [])
>>    a1, = ax.plot([], [])
>>    anim = animation.FuncAnimation(fig, analogPlot.update,
>>                                   fargs=(a0, a1),
>>                                   interval=50)
>>
>>    # show plot
>>    plt.show()
>>
>>    # clean up
>>    analogPlot.close()
>>
>>    print('exiting.')
>>
>>
>> # call main
>> if __name__ == '__main__':
>>    main()
>> _______________________________________________
>> pyar mailing list pyar en python.org.ar
>> http://listas.python.org.ar/listinfo/pyar
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>> PyAr - Python Argentina - Sitio web: http://www.python.org.ar/
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>> La lista de PyAr esta Hosteada en USLA - Usuarios de Software Libre de
>> Argentina - http://www.usla.org.ar
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